STORMSHIELD UTM posiada wbudowany standardowo system ochrony antywirusowej ClamAV. Na obecność wirusów może być sprawdzana cała poczta przychodząca i wychodząca (protokoły POP3 oraz SMTP). Wiadomości zawierające wirusy są automatycznie usuwane a o zdarzeniu powiadamiany jest odbiorca poczty. Na obecność wirusów sprawdzane są też wszystkie odwiedzane przez użytkowników strony internetowe, zbiory pobierane z Internetu (ruch HTTP jak również HTTPS) dane przesyłane przez FTP.

Dodatkowo, jako opcja dodatkowo płatna, dostępny jest skaner antywirusowy Kaspersky. Filtr ochrony antywirusowej może pracować w trybie proxy mode lub bridge mode. W przypadku zastosowania trybu bridge mode ochrona antywirusowa jest "przezroczysta" dla ruchu sieciowego i nie wymaga żadnych zmian w konfiguracji sieci.